Quatre mois après que Valérie Pécresse a présenté les grandes lignes de la nouvelle architecture de l'administration centrale de son ministère de l'Enseignement supérieur et de la recherche, un décret et deux arrêtés (sur l'administration centrale et sur le pôle de contractualisation) sont parus au JO le 17 mars 2009. Avec l'objectif affiché, selon le communiqué les accompagnant, de « recentrer le ministère sur ses fonctions-clés et à transférer certaines missions et compétences », pour s'adapter à l'évolution du paysage de l'enseignement et de la recherche suite à ses nombreuses transformations (AERES, ANR, Pacte pour la recherche, loi sur l'autonomie comme les cite le communiqué ministériel).
Ne dites plus DGES (direction générale de l'enseignement supérieur) mais DGESIP (direction générale pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle). En son sein, le « pôle de contractualisation et de financement des établissements de formation et de recherche » aura un rôle clé dans ce dispositif. Il sera chargé de la contractualisation avec les universités, de l'allocation de leurs moyens selon le nouveau système de répartition défini par la DGSIP et du suivi de leur performance.
Parallèlement à la DGESIP, le pilotage des organismes de recherche et des entreprises sera de la responsabilité de la DGRI (direction générale de la recherche et de l'innovation).
Trois services communs assurent des missions mutualisées aux deux directions générales : coordination stratégique et territoires, grands projets immobiliers (Opération campus) et systèmes d'information et études statistiques.
"Face à des universités autonomes, [le ministère] ne doit plus se comporter en administration tatillonne", a déclaré Valérie Pécresse en réponse à une question orale au Sénat le 19 mars 2009.